وبدأ خباطو مسيرته الكروية في صفوف شباب بلوزداد سنة 1935 ثم انتقل إلى مولودية الجزائر عام 1938 وشغل منصب مدرب المنتخب الوطني بعد خروج الاستعمار الفرنسي.

كما درب أيضاً اتحاد البليدة وأولمبي العناصر ومولودية الجزائر في سنوات السبعينيات. ويعتبر إسماعيل خباطو عميد المدربين الجزائريين، غير أنه لم يلق أي اهتمام من قبل مسؤولي كرة القدم في الجزائر.

كما يعتبر إسماعيل خباطو أول مدرب للمنتخب الوطني لكرة القدم بعد استقلال البلاد عن فرنسا عام 1962، حين تولى المهمة برفقة قادر فيرود بعد الاستقلال مباشرة، قبل أن يشرف على الفريق بمفرده في عام 1964، بعد انتقال فيرود للعمل في وزارة الشباب والرياضة.